La digestion aérobie des boues est un processus biologique qui se déroule en présence d'oxygène. Avec l'oxygène, les bactéries présentes dans les boues (boues activées) consomment la matière organique et la transforment en dioxyde de carbone. Avant la déshydratation, les solides produits lors du traitement, subissent un processus de digestion. Les solides provenant des décanteurs primaires, ainsi que les boues activées résiduelles, sont dirigés vers les digesteurs aérobies par l'intermédiaire d'une boîte de séparation. Normalement, un bassin se remplit, tandis que l'autre est en cours de digestion, et son contenu est dirigé vers les centrifugeuses pour la déshydratation. De l'air fourni par des ventilateurs à déplacement positif est ajouté en grands volumes aux deux digesteurs pour créer des conditions aérobies. Dans ces conditions, les bactéries consomment rapidement la matière organique contenue dans les solides et la transforment en dioxyde de carbone.