Le traitement anaérobie est un processus biologique idéalement adapté au prétraitement des eaux usées à haute résistance. Le processus anaérobie utilise des bactéries naturelles pour décomposer les matières biodégradables dans un flux de déchets industriels. Ces technologies utilisent des bactéries pour aider les matières organiques à se dégrader dans un environnement sans oxygène. Le processus anaérobie a fait ses preuves et ne nécessite pas l'achat de bactéries ou de nutriments spéciaux. Comme les bactéries sont anaérobies, elles n'ont pas besoin d'oxygène comme les organismes dans un processus aérobie. Les réacteurs sont fermés ou couverts pour empêcher l'introduction d'air et le dégagement d'odeurs.
On peut noter deux technologies différentes :