Cette technologie est utilisée pour traiter les déchets des raffineries de pétrole, le compost et les lixiviats des décharges et les eaux usées industrielles prétraitées, telles que celles provenant des usines de pâtes et papiers, des usines textiles et de la transformation des produits de la mer. Pour certaines eaux usées, les marais artificiels constituent le seul traitement; pour d'autres, elles sont l'un des éléments d'une série de processus de traitement. L'une des applications les plus courantes de lagunage est le traitement des effluents d'eaux usées domestiques primaires ou secondaires. Le traitement des eaux usées ou des eaux pluviales par le lagunage peut être un processus peu coûteux, peu énergivore et ne nécessitant qu'une attention opérationnelle minimale. Des recherches approfondies et des applications pratiques ont permis de mieux comprendre la conception, les performances, le fonctionnement et l'entretien de marais artificiels pour l'amélioration de la qualité de l'eau. Bien que cette technologie soit robuste et efficace, toutefois, elle doit être conçue, construite, exploitée et entretenue avec soin.